I nomi dei due comuni un tempo separati, risalgono all’epoca romana.
La denominazione Bovisio dovrebbe derivare da bovis otium, il luogo in cui l’esercito romano teneva le vettovaglie e gli animali. Masciago deriverebbe dal latino, martis ager, campo di Marte, un accampamento militare. Nel 1863 venne aggiunto l’appellativo milanese.